Franciszek Marto urodził się 11 czerwca 1908 r. w Aljustrel w parafii Fatima należącej do diecezji Leiria-Fatima, jako szóste z siedmiorga dzieci ubogiego małżeństwa Manuela Pedro Marto i Olímpii de Jesus. 20 czerwca został ochrzczony w parafialnym kościele w Fatimie. Podobnie, jak większość dzieci z ówczesnych portugalskich wiosek, chłopiec nie umiał czytać, ani pisać. W 1916 r., w wieku 8 lat rozpoczął pracę jako pastuszek, wypasając wraz z Hiacyntą i kuzynką Łucją dos Santos owce należące do rodziców. W tym samym roku był świadkiem trzech objawień Anioła Pokoju, który poprosił dzieci o modlitwę do Trójcy Przenajświętszej, Najświętszego Serca Jezusowego i Niepokalanego Serca Najświętszej Maryi Panny. Wiosną i jesienią, Anioł ukazał mu się na wzgórzu Cabeço, a latem w pobliżu studni zwanej Arneiro. W 1917 r. Franciszek wraz z młodszą siostrą Hiacyntą i kuzynką Łucją, byli świadkami sześciu objawień maryjnych, które miały miejsce 13 maja, 13 czerwca i 13 lipca w Cova da Iria, 19 sierpnia w Valinhos, a następnie 13 września i października ponownie w Cova da Iria. Podczas objawień, Franciszek widział postać Anioła i Maryi, jednak nie słyszał żadnego z wypowiadanych przez nich słów.
Wkrótce po objawieniu z 13 lipca, kiedy Maryja powierzyła dzieciom tajemnice, rodzeństwo zostało aresztowane przez władze gminy Vila Nova de Ourém, lecz pomimo dwudniowego przetrzymywania w więzieniu i zastraszania, nie wyjawiły treści orędzia przekazanego im przez Matkę Bożą.
W październiku 1918 r. Franciszek zapadł na grypę „hiszpankę”, której epidemia panowała wówczas na Półwyspie Iberyjskim. Jego choroba trwała do wiosny 1919 r. 2 kwietnia Franciszek przystąpił do pierwszej spowiedzi, a następnego dnia przyjął Pierwszą Komunię Świętą, będącą zarazem wiatykiem. Zmarł 4 kwietnia 1919 r. ok. godz. 22.00. Następnego dnia został pochowany na cmentarzu w Fatimie. 17 lutego 1952 r. nastąpiła ekshumacja jego ciała, które 13 marca przeniesiono do fatimskiej bazyliki. Podobnie, jak Hiacynta, Franciszek nauczył się zasad wiary chrześcijańskiej w domu rodzinnym. Duże wrażenie zrobiły na Franciszku słowa Anioła „Pocieszajcie waszego Boga”, które chłopiec starał się wypełniać poprzez modlitwę różańcem i adorację Najświętszego Sakramentu.
